그러나 작년 10월부터 소위 ‘탄핵정국’ 이후 관련 매뉴얼 등이 준비될 수 없었고, 이는 올해 5월 문재인 정부가 출범 후에도 마찬가지였다. 과세당국이 종교인소득 과세를 위한 준비를 지난 6월에서야 뒤늦게 시작하면서 교계에서는 종교인 과세가 47년 만에 시행되기 때문에 종교의 고유한 역할과 사명을 간과한 채 만약 일방적으로 과세를 시행한다면 많은 문제가 나타날 것으로 예상되어 지난 6월 19일 여의도 CCMM에서 국민일보와 한국공공정책개발연구원(원장 장헌일)이 공동주최한  제5차 ‘종교인과세대책을 위한 컨퍼런스’를 통해 종교인과세 문제점을 지적하고 사례비로 제한하여 과세해야 한다고 방향을 제시한바가 있었지만, 8월에 가서야 기획재정부와 국세청 등 정부 측과 한국교회 TF팀이 처음으로 간담회를 가졌다.
이러한 가운데 지난 9월 9일 정부는 돌연 주요 종교기관들을 향해 ‘세부과세 기준 자료(안)’을 제시했는데, 이는 종교인 과세가 아니라, ‘종교과세로 종교활동과세, 종교침해과세’ 성격을 띠고 있어 심각한 문제가 아닐 수 없다.
특히 심각한 종교편향성까지 보이고 있어 정부는 종교단체들과 다음과 같은 사항에 대한 대비가 없다면 향후 조세마찰 등으로 국정운영에 큰 부담이 될 것이 명약관화 하다.
실제 각 종단 별로 수입금액의 종류와 비용인정 범위가 상이함에도 국세청과 종단 간에 상호 협의된 상세한 과세기준이 만들어져 있지 않다. 또한 지금까지 종교인소득이 과세되지 않은 상황에서 종교인소득을 계산하는 회계와 종교단체의 회계를 구분하지 않고 운영해 왔다. 따라서 종교인 회계와 종교단체 회계를 명확히 구분하는 것이 선결되어야 한다. 수입금액의 종류와 비용범위는 어떻게 할 것인지, 무엇이 종교인 소득이고 무엇이 종단 소득인지 등에 대해 국세청와 종교단체 간의 폭넓은 협의와 홍보가 필요하다.  
무엇보다, 탈세관련 제보로 인해 세무조사가 이뤄질 경우 제보의 진위여부와 관계없이 그 사실이 언론 등에 알려지는 것만으로도 해당 종교인 및 종교단체의 도덕성이 크게 훼손될 수 있고, 국가권력과 종교 간의 마찰이 불가피한데 이에 대한 대책이 전무한 실정이다. 따라서 처음 시행되는 종교인소득 과세제도의 연착륙을 위해서는 다음과 같은 종합적인 검토와 면밀한 준비가 반드시 뒷받침되어야 한다.
첫째, 과세당국은 종교인 소득회계와 종교단체 회계를 명확히 구분하는 기준을 만들고, 각 종교, 종단 등과 긴밀히 협의하여 종교인 소득에 포함되는 종교단체별로 다양한 소득원천과 비용인정 범위, 징수방법에 대하여 상세한 과세기준을 협의·마련해야 한다. 이를 위해 각 종단별 소득구조 특성에 대한 철저한 조사가 선행되어야 하며, 세부 과세기준에 따른 과세 및 징수에 대한 예행연습을 통해 문제점을 보완하는 절차가 필요하다.
둘째, 탈세관련 제보가 있을 경우에는 영리법인에 대한 세무조사와 마찬가지로 세무조사권이 신중하게 발동되도록 해야 한다. 특히 일선 세무서에서 받은 탈세제보는 국세청으로 이첩하여 국세청이 수집 분석한 과세자료와 대조를 통해 명백한 탈세 혐의가 있는 경우를 제외하고는 각 종단에 넘겨 추가 자진신고 납부를 하도록 규정할 필요가 있다(실제  대부분의 선진국의 경우 과세당국과 종교단체 간에 사전에 협의된 구체적인 과세기준에 따라 자진신고하면 납세의무가 종료되는 ‘협의과세제도’를 운용하고 있음).
셋째, 현재 근로소득과 사업소득에만 적용되는 근로장려세제를 모든 종교인소득에 대해서는 근로소득으로 신고·납부 선택 여부를 불문하고 적용될 수 있도록 금년 중 조세특례제한법 개정이 필요하다.
지난 대선 때 각 당 대선후보들은 헌법에 명시한 종교의 자유를 침해하지 않고 정교분리 원칙이 제대로 지켜지지 않을 때 발생할 수 있는 조세저항과 사회와 국가적인 혼란과 국론분열을 일으키지 않도록 종교의 역할과 중요성을 감안하여 종교인과세를 2년간 유예하겠다고 약속한 바 있다. 정부는 종교인들이 조세저항 없이 자진납세 할 수 있는 기준과 환경을 조성하는 것이 급선무이다.  
종교의 자유는 대한민국 헌법(제20조)에서 보장하고 있는 불변의 가치이며 어떤 경우에도 침해될 수 없는 천부적 가치이다. 종교의 특성과 목회자 사역의 특수성을 반영하지 않은 정부의 종교정책은 갈등과 혼란을 야기할 뿐이기 때문에, 정부는 종교인과세를 졸속행정으로 종교간 갈등을 유발 시켜 국민화합을 저해하는 불행한 일이 없도록  충분한 시간을 갖고 협의할 것을 촉구한다.