바이너 부룩이 시대인 1941년 12월 16일 베트남을 정복한 일본군이 미리(Miri)을 침략하였다. 미리로부터 두 부대로 나뉘어져 한 부대는 쿠칭을 거쳐 시부를 정복하고 또 다른 부대는 라부안(Labuan)을 거쳐 사바(Sabah)주의 산다칸(Sandakan)을 정복하게 되면서 보르네오의 일본식민지 시대가 열리게 된다. 하지만 바이너 부룩은 일본이 사라왁을 정복하기 이전에 사라왁을 버리고 호주로 도망을 간다. 제 2차 세계대전이 종식되고 1946년 다시 사라왁으로 돌아오지만 더 이상 사라왁을 통치하지 못하고 1946년 7월 1일 사라왁의 지배권은 영국에게 이양한다. 이렇게 됨으로 해서 1941년 제임스 부룩으로부터 시작된 White Rajah 시대는 막을 내리게 된다.
영국의 통치는 사라왁의 재건에 그 초점이 맞추었다. 이 기간은 1946년 에서1963으로 잡는다. 사라왁에 자치 정부를 수립할수 있는 확고한 정치체계를 구축하고 경제적 발전과, 사회,교육 서비스의 향상과 삶의 질의 향상이 그 목표였다. 영국의 식민지 시대는 3단계의 시기로 나누어 볼수 있는데 1946년에서 1952년은 전쟁이 종식되고 재건에 초점을 맞추는 시기이며 두 번째 단계는 1953년에서 1958년으로 정치적 안정과 발전의 단계이며 세 번째는 1963년 말레이연방에 합류하기 전단계로 정치적 변화, 정당창설이 창설되하고 일련의 정부의 체계가 구축되는 단계이다. 이러한 정치적 발전을 위협하는 두가지 요소가 있었는데 그것은 하나는 1946년에서 50년간 지속된 영토 이양반대 운동(anti-cession movement)이다.  이양반대 운동은 영국의 식민지배에 반대하는 운동이었다. White Rajah 시대가 사라왁을 자치적이고 독립적인 한 국가로 인도할 것이라는 백성들의 기대를 저버리고 바이너 부룩은 현지 원주민의 어떤 지지도 없이 독단적으로 사라왁에 대한  영국의 식민지 귀속을 결정하게 되자 말레이족과 다약족을 비롯한 많은 원주민들이 들고 일어나 영국에로의 지배권 이양을 반대하게 된다. 다른 하나는 공산당의 위협이었다.
영국식민지 시기의 기독교 선교 정책은 부룩가가 통치하던 시기와 별반 다르지 않았다. BEM은 전쟁이 종식된 이후 림방을 넘어 더 내륙 안쪽으로 뻗어나가 바클라란(Ba Kelalan)과 인도네시아 국경까지 뻗어나가게 되었다. 부룩의 시대에는 뚜렷한 교육정책의 부재로 인해 사라왁의 교육의 질이 떨어진다고 생각한 영국 정부는 확고한 공립 교육정책을 추진하게 된다. 이것이 다문화적 요소가 강한 사라왁의 모든 족속들을 사라왁인으로 묶을 수 있는 계기가 될 것이라 생각했다. 그것이 또한 밀려드는 공산주의 사상을 막는 방법이라고 생각했다. 이에 영국 정부는 도시뿐 아니라 외곽지역에도 초등학교 설립을 장려하였고 그 이전에 지어진 모든 학교들에 대해서도 공립 학교로 전속되어 정부의 관리하에 들어가게 되었다. 이렇게 모든 공립 교육을 체계화 시켜나가면서 영국 정부는 영어로 교육하고 커리쿨럼에 관여하는 조건으로 기독교 선교사들을 교사로 활용하게 되었다. 이정부가 이러한 결정을 내리게 된 저변에는 공산주의의 위협으로부터 보호차원이 있었다. 공산주의 사상이 확대되어 사라왁이 공산화 되는 것 보다 선교사들이 나서서 영어로 교육하고 서양의 교육 커리큘럼으로 교육하는 것이 영국의 지배권을 더욱 굳건히 할 수 있다고 믿었기 때문이다. 정부는 BEM과 협력하며 공교육 체계를 구축해 나갔고 BEM 소속 선교사들은 교육을 통해 기독교를 전파할 수 있게 되었다. 지금도 사라왁의 노년층을 보면 자신들의 모국어 외에도 영어를 아주 유창하게 구사하는 사람들이 많다. 이것은 선교사들이 세운 영어 학교에서 공립교육을 받았다는 것을 반증하는 것이다. 이후에 정부가 모든 공립학교 교육권을 관리하게 되고 나서 BEM은 성경학교로 그 교육의 무게중심을 옮겨 성경학교를 통한 현지인 사역자 양성에 매진하게 된다. 또한 BEM 선교는 름바왕족속의 삶을 향상시켰으며 제 4, 5 구역의 구석구석까지 비행기로 넘나들면서 복음을 전하게 되고 쿠칭에 있는 국토부의 요청으로 제 4, 5 지역의 지도를 만들기도 하였다. BEM은 점점 더 원주민들 사이에 신뢰를 얻게 되었다. 그 당시 정부에서는 비행기로 깊은 내륙까지 들어가는 것이 안전성의 문제에 봉착하여 많은 반대가 있었는데 BEM에서 수년간  비행기를 타고 내륙의 깊은 곳까지 복음 전파하러 다니는 것을 본 후 비행 항로의 안전성을 인정하기도 하였다. 이렇게 BEM이 사라왁의 원주민 발전에 지대한 공헌을 하였고 그 중심에는 허드슨 사우스 웰 선교사가 있었다.
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